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... wie mache ich das?

Also wenn ich auf ein verlinktes(n?) Meter klicke, daß sich zwei Instanzen öffnen und schließen (mit "togglerunning")

Ich hoffe, ich habe Dich richtig verstanden, denn dann müsstest Du eine ".vbs"-Datei erstellen mit folgendem Inhalt:

Set WSHShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")

WSHShell.Run "C:\Programme\Samurize\Client.exe i=Instanz1 togglerunning"
WSHShell.Run "C:\Programme\Samurize\Client.exe i=Instanz2 togglerunning"

Die Datei mit nem Meter verlinken und bei Klick müssten sich die beiden öffnen und schließen.

EDIT: Übrigens hier nachzulesen und hier downzuloaden.

Geht auch ohne Skript:

Bis zu drei Befehle mit einem Klick ausführen