Besten Dank @ Gumfuzi, dann kann ja in Zukunft nichts mehr schief gehen

Wichtig ist, wenn man zB. in iTunes die Apps löscht (Mediathek - Apps) und aber noch in iTunes beim iPhone es so eingestellt ist, dass er automatisch synchronisiert, dann löscht er beim ersten einstöpseln am Compi in iTunes dann am Handy die Apps.
Das gleiche auch zB. bei Musik, Klingeltöne, etc. falls man die in iTunes löscht.

Also immer beim Handy (also in itunes, wenn das Handy eingesteckt ist - nicht am Handy selbst!) die automatische Synchonisation ausstellen, sofern man in iTunes Dinge löscht, welche am Gerät selbst oben bleiben sollen.

btw: spiele doch einfach ein Backup ein (lokal via iTunes oder via iCloud, falls Du das eingestellt hast)

Was genau passiert ist weiß ich zwar nicht, aber ich schilder einfach mal kurz was vor einiger Zeit passiert ist.

-> System Win Vista Neuinstallation -> iTunes Neuinstallation -> das erste mal mit iTunes synchronisiert und paff bis auf 2 Apps waren alle Apps gelöscht worden und so natürlich auch auf dem Smartphone synchronisiert.
Ärgerlich hinsichtlich, das alle Apps wieder neu installiert werden mussten und eingerichtet.

Was natürlich jetzt interessant ist, konnte jetzt nicht nachvollziehen warum das passiert ist, denn jetzt wird ganz normal zwischen iTunes und iOS synchronisiert.

Vielleicht hat einer da jemand Erfahrungen warum das passiert ist.
Ich hatte zwar gehört, dass beim Update von der Version iOS 5.x auf 6.0 solche Dinge passiert sind, aber das lief bei mir problemlos.